Estás mezclando Exposímetro con Compensación de Exposición.
El exposímetro te indica, para una medición (puntual, matricial, etc, que tengas configurada) la diferencia con la exposición actual (que depende de velocidad, diafragma e iso)
Si varías los parámetros, la exposición cambia, y se refleja en el exposímetro (si lo tenías a -1 y bajas el tiempo de exposición en un paso, marcará -2, porque entrará aún menos luz)
En los modos automáticos tú indicas uno de los parámetros, y los demás los calcula la cámara para dejar la exposición exacta. Eso significa que si indicas un diafragma, calculará un tiempo tal que el exposímetro quede a cero.
Puedes decidir que ese cálculo no es correcto, y que quieres una escena más clara o más oscura, y para poder hacerlo tienes la compensación de exposición, que básicamente lo que le dice a la cámara es "calcúlame los parámetros para que la exposición, en lugar de ser 0 sea +1.3)
No tiene sentido aplicar la Compensación de Exposición en un modo manual, porque en ese modo la cámara no calcula nada. En ese caso, el Exposímetro marcará la exposición que se obtiene con los parámetros que tú has definido. Si quieres que quede a cero, tendrás que modificar acorde los parámetros.
No me extrañaría que tu problema fuese que quieres hacer algo del estilo de: Diafragma a f8 para coger todo enfocado y velocidad 1/250 para que los niños no me salgan movidos, y el exposímetro te marca -3 y la foto te sale súper oscura.
En ese caso recuerda que aún te queda el recurso de subir ISO, pero tendrás que hacerlo tú, porque estás en un modo Manual, donde la cámara no decide ningún parámetro.
